Japonia este localizată în Asia de Est, în nordul Oceanului Pacific, fiind formată din 4 insule importante, ce reprezintă un procent de aproximativ 95% din teritoriul Japoniei: Honshu(227.414 km2), Hokkaido(78.411km2), Kyushu (42.600 km2) și Shikoku(17.800 km2), plus numeroase insule mici.

Insulele nipone sunt formate la îmbinarea plăcilor tectonice: placa Pacificului și placa Filipinelor se scufundă sub placa Euroasiatică din vest. Japonia este situată deasupra zonei de scufundare, pe placa Euroasiatică. La îmbinarea plăcilor tectonice crusta pământului este instabilă, ceea ce explică numărul mare de vulcani din Japonia (50 activi și circa 200 inactivi) precum și numărul mare de cutremure (circa 1500 pe an). Cu toate acestea, se susține că aceste lucruri contribuie la frumusețea peisajului din Japonia. Izvoarele termale sunt larg răspândite, atât în zonele de munte, cât și în apropierea zonelor de țărm. Totuși, lava și cenușa rezultate în urma erupțiilor vulcanilor au avut, de-a lungul timpului, efecte dezastruoase asupra populațiilor care trăiesc în zona apropiată vulcanilor activi.

În cea mai mare parte arhipelagul are un relief muntos și colinar(peste 80%), de vârstă relativ recentă, în cadrul căruia se deosebesc regiuni formate în urma cutărilor terțiare și terțiar-cuaternare. 25 de vârfuri depășesc 3000 m, altitudinea maximă este Fuji Yama/Fuji-san 3776 m.