​Perioada Kamakura (1185-1333)

Puterea efectivă o aveau șogunii (primministri) cu sediul la Kamakura, pe când împăratul-zeu, cu sediul la Kyoto avea doar atribuii religioase de mare-preot șintoist. În 1191, se introduce în Japonia budismul zen, una din sursele moralei și artei marșiale practicate de cavalerii samurai, în nesfârșitele războaie civile provocate de lupta pentru putere a marii nobilimi.

​

Perioada Muromati (1333-1573)

În 1549 sosește în insula Kyushu misionarul iezuit spaniol Francisco Javier. În 1573 ia ființă la Kyoto prima biserică romano-catolică.

 

Perioada Momoyama (1573-1603)

În 1587 misionarii catolici sunt expulzați din Japonia. În 1597 sunt martirizai 26 de creștini la Nagasaki.

 

Perioada Edo (1603-1867)

Șogunii din familia Tokugawa duc o politică anticreștină, de favorizare a budismului și de izolare a Japoniei de restul lumii. În sec. XVIII și în prima jumătate a sec. XIX are loc „reacția puriștilor șintoisti” ale căror idei vor fi puse în aplicare abia dupa căderea șogunatului. Rămânerea în urmă a Japoniei față de Occident a devenit evidentă când S.U.A. și marile puteri au umilit Japonia, silind-o să renunțe la izolaționism. Revoluția din decembrie 1867 a răsturnat șogunatul, redând puterea împăratului mutat în noua capitală, Kyoto.